“政教分离”，其实是在承认，属神的世界（也就是基督信仰的世界，主要指教会，由神直接统治）和世俗的世界（也就是不信神之人的世界，不仅包括无神论者，也包括各类起源于巴别塔的异教异端，由魔鬼撒旦直接统治），是两个截然不同的系统，有着完全不同的运作方式，因此这两个世界（系统）要分开，相互独立，并尽最大可能地互不干涉。
“政教分离”的核心是权柄，教会掌管的是属灵的权柄，世俗世界掌握的是属世的权柄（如政府的权柄、公司的权柄，政府的权柄是最主要的）。“政教分离”的“分离”，很大程度是在说这两种权柄的“分离”。
考察耶稣基督复活升天以后的人类两千年历史，在“政教分离”上一直做得不怎么好。因为这两千年的大部分时间中，基督福音主要在西方世界传播，教会在这些国家最为强盛。但这些国家的掌权者基本上都是有神论者，并不排斥宗教信仰，反而很善于利用宗教信仰巩固自己的统治，当教会力量增强的时候，掌权者也并不排斥基督教，而是将基督教吸收进政府，加以改造，这就是早期天主教的情况。而罗马天主教在自己罪性的吸引下，也渐渐开始拥抱世俗权柄和世界，在罗马帝国灭亡以后，甚至索性甩开膀子自己单干，开始掌控欧洲各国，造就了“黑暗中世纪”的惨案。
宗教改革并没有改变西方教会的基本层面，尤其是启蒙运动进入民主自由时代以后，又为教会参政议政打开了大门，我们看看这些国家对自己的称呼就知道了，“基督教国家”、“基督教文明”？这本身就是些怪诞的名词，两个本来应该分离的事物其实是无法整合在一起的。可以说，“政教合一”是西方文明和社会的基因，他们的思维方式已经摆脱不了这个窠臼了，西方社会在政教合一的道路很难回头了。
于是神兴起了中国和中国教会。中国一直都是这个世界的异类，我们前面说过，在古代，中国的先贤们就塑造了一个无神论的国家和社会，到了现代，中国人接受了MKS主义以后，这种无神论的社会和国家得到大大加强。在这样的国家和社会里，政府的权柄是排斥任何宗教势力的干涉的，基督教也不例外。因此，神在中国为真正实现“政教分离”创造了条件，从客观上说，教会很难再像西方国家一样，直接参与政治了。这其实是种很讽刺的状况，也是神幽默感的体现。
所以，对于中国教会来说，无神论的社会其实是件天大的好事，在这样的社会环境中，教会或许要受点儿逼迫，但最终，这种环境可以让教会集中注意力在属神的事情上，而不是属世的事情上。
其实，教会属于天上，政治属于地上，如果我们专心于神的事情，政教一定是分离的，但俗话说“常在河边走，哪能不湿鞋”。即使神给中国教会安排了这样“优越”的条件，但基督徒的肉身目前还是活在这个世界上，教会也不是世外桃源，也需要与掌权者和社会打交道，中国教会在实行“政教分离”的时候，也需要来自神的智慧。我们要注意以下几点：
1、“政教分离”是双向的，不仅是教会与世界分离，世界也要与教会分离。中国无神论的环境，客观上在排斥教会获得属世权柄，为教会获得属世权柄设置了屏障，但反过来，教会也要对掌权者干涉属灵权柄设置屏障。历史上的掌权者们，总是无法克制地要掌控教会，让教会为自己服务，在我们这个无神论的社会也是如此，这时，教会就要主动地远离和脱离这种掌控，行使自己的独立性，因为教会是个最终听命于神，而非世俗掌权者的组织，这是中国教会一定要注意的。
2、要顺服掌权者。顺服世俗掌权者这个原则，是在圣经中三番几次强调的原则，这意味着，基督徒和教会与其它社会成员一样，需要敬畏掌权者和他们的权柄，不能例外，因为这掌权者是神所设立的。在西方社会的历史上，教会常常以属灵权柄高于世俗权柄为由，不顺服掌权者，造就了一股叛逆掌权者的潮流，天主教曾经把这一手玩得登峰造极，反客为主，本应顺服掌权者的，却骑到了掌权者的头上，这是对神统治法则的公然背叛，是受到咒诅的。至于如何拿捏顺服掌权者和保持教会独立性的平衡，这就是看中国教会的智慧了。
3、反对和分辨西方教会中政教合一的潮流。西方教会中政教合一与反叛掌权者的思想，其实已经渗透到西方神学的各个方面，有的是非常隐蔽的。例如已经喊了一段时间的“三化异象”：教会国度化、中国福音化、文化基督化，表面看上去很有道理，但其实后面隐藏着许多西方政教合一的动机和思想（本身三化后面隐藏的无千禧年的神学就是错误的），其实是不符合圣经的，我们中国教会也坚决分辨和清除这些影响，走中国教会自己的路，政教分离的路。
从更高的，属天的眼光看，其实“政教”并不是分离的，不管是世俗的世界，还是属神的世界（教会）其实都在神的掌管下，只不过教会是被神有意掌管，而世俗世界是被神无意识地掌管，掌管世俗世界的是魔鬼撒旦，也在神的掌管之下。但由于世俗世界的运行是建立在罪的基础上，神不愿我们直接参与到世俗世界的是是非非中，免得脏了我们手，而且那种对世俗世界的参与是血气的参与，是神不喜悦的。
而且，神其实给我们属灵权柄其实要大大高过任何属世权柄：
并知道他向我们这信的人所显的能力是何等浩大，就是照他在基督身上所运行的大能大力，使他从死里复活，叫他在天上坐在自己的右边，远超过一切执政的、掌权的、有能的、主治的，和一切有名的；不但是今世的，连来世的也都超过了。又将万有服在他的脚下，使他为教会作万有之首。教会是他的身体，是那充满万有者所充满的。（以弗所书1:19-23）
由于魔鬼撒旦的时候还没有到，这样的权柄目前还无法在世上完全实现，真正的实现要在千禧年和以后。神将顺服掌权者和政教分离的命令和原则赐给我们，是要检验我们的顺服和忍耐，也是让我们把目光单单定睛在耶稣身上，当我们的顺服和忍耐得到检验以后，神就会让我们得享那种超越一切属世权柄的属灵权柄，就是现在，就是此时！
神能照着运行在我们心里的大力充充足足地成就一切，超过我们所求所想的。但愿他在教会中，并在基督耶稣里，得着荣耀，直到世世代代，永永远远。阿们！（以弗所书3:20-21）
