正如上文所显示的，在教会的历史上，到处都是让人心痛的荒凉之城、凄凉之处。为什么呢？其中有一个原因就是根基没有打好，房子建得再漂亮，城墙建得再高大，但如果根基没打好的话，就会像绣花枕头一样，中看不中用，最后在风吹雨淋中，在敌人的攻打下落得个倒塌的下场。
教会就像房子或者城墙，需要把基础打牢才能稳当。那么教会这座房子的根基是什么呢？当然是主耶稣基督。圣经上不止一处提到，耶稣基督不仅是每个人的磐石和根基，也是教会的磐石、根基和房角石。而且，他是教会唯一的根基，除耶稣基督以外，没有别的根基：你们是神所耕种的田地，所建造的房屋。我照神所给我的恩，好像一个聪明的工头，立好了根基，有别人在上面建造；只是各人要谨慎怎样在上面建造。因为那已经立好的根基就是耶稣基督，此外没有人能立别的根基。（哥林多前书3:9-11）
当然，耶稣并不仅仅是教会的根基，他还是教会的建造者和创始人。可以说，第一个教会就是他亲手创立的，在地上短短的三年半时间里，他把那些属于他的人召聚起来，并为他们选择了未来教会的领袖和柱石（也就是教会的组织的雏形），并通过讲道、医病、赶鬼、行神迹来亲自带领和教导他们，使他们初步明白天上的事情以及教会的职责所在。“以色列人哪，请听我的话：神藉着拿撒勒人耶稣在你们中间施行异能、奇事、神迹，将他证明出来，这是你们自己知道的。（使徒行传 2:22）
在钉十字架的前夕，当他为信徒的全体——也就是教会祷告的时候，其实一个未来的教会已经成型，准备呱呱落地了。等到他完成救赎的工作后，天上的圣灵浇灌下来，这第一个教会就真正诞生了。这个教会在圣灵的催促和装备下，勇敢地迈向全世界，开始了将福音传到地极的任务，世界从此而改变，直到今天的规模，因此，耶稣基督是教会之始，当他十字架上说“成了”的时候，其中一个含义就是教会“成了”，教会在他的死亡中建立起来。
耶稣成为教会之始和根基，因为教会是属于他的，是他用自己的生命买回来的。籍着在十字架上的受死和以后的复活，耶稣基督成为教会的救赎主。虽然耶稣是为全世界所有人而来，但并不是所有人都能接受他，有些人是注定要沉沦的，只有教会才能承受他的救恩，承受他十字架上赎罪的果效，承受他复活的生命。因此使徒保罗这样吩咐长老们：圣灵立你们作全群的监督，你们就当为自己谨慎，也为全群谨慎，牧养神的教会，就是他用自己血所买来的（或译：救赎的）。（使徒行传 20:28）教会之所以能与这个世界分别开来，是因为在世界上的所有人中，唯有教会是属于耶稣的，不属于耶稣的人，也不会属于教会。
因此，教会如果想脱离世界的邪恶影响，从世界分别出来，就必须与耶稣同死同活，与为教会受死复活的耶稣建立起深度的联合。与耶稣同死，就意味着教会与罪，与随罪而来的肉体、情欲、世界，还有隐藏在后面的魔鬼断绝了关系。与耶稣同活，则意味着教会与属神的生命接上了关系，与耶稣的联合是教会出淤泥而不染的保证，是教会称义和圣洁的保证。
岂不知我们这受洗归入基督耶稣的人是受洗归入他的死吗？……我们若在他死的形状上与他联合，也要在他复活的形状上与他联合；因为知道我们的旧人和他同钉十字架，使罪身灭绝，叫我们不再作罪的奴仆；……我们若是与基督同死，就信必与他同活。因为知道基督既从死里复活，就不再死，死也不再作他的主了。他死是向罪死了，只有一次；他活是向神活着。这样，你们向罪也当看自己是死的；向神在基督耶稣里，却当看自己是活的。（罗马书 6:3-6,8-11）
圣经还说：一人既替众人死，众人就都死了；并且他替众人死，是叫那些活着的人不再为自己活，乃为替他们死而复活的主活。（哥林多后书 5:14-15）这样，教会不再属于自己了，也不再为自己而活，而是为耶稣基督而活。
籍着耶稣的死，耶稣与教会形成一种非常亲密的联合关系。圣经上用三个比喻，羊群、身体和婚姻的比喻来说明这个这种关系。
羊群的比喻：你们从前好像迷路的羊，如今却归到你们灵魂的牧人监督了。（彼得前书 2:25）我是好牧人；我认识我的羊，我的羊也认识我，正如父认识我，我也认识父一样；并且我为羊舍命。我另外有羊，不是这圈里的；我必须领他们来，他们也要听我的声音，并且要合成一群，归一个牧人了。（约翰福音 10:14-16）羊群的比喻强调的是耶稣对教会的领导和带领的关系。
身体的比喻：又将万有服在他的脚下，使他为教会作万有之首。教会是他的身体，是那充满万有者所充满的。（以弗所书 1:22-23）你们就是基督的身子，并且各自作肢体。（哥林多前书 12:27）头和身体的比喻强调的是教会与基督，教会内部的合一，以及教会对基督的顺服。
婚姻的比喻：你们作妻子的，当顺服自己的丈夫，如同顺服主。因为丈夫是妻子的头，如同基督是教会的头；他又是教会全体的救主。教会怎样顺服基督，妻子也要怎样凡事顺服丈夫。你们作丈夫的，要爱你们的妻子，正如基督爱教会，为教会舍己。要用水藉着道把教会洗净，成为圣洁，可以献给自己，作个荣耀的教会，毫无玷污、皱纹等类的病，乃是圣洁没有瑕疵的。丈夫也当照样爱妻子，如同爱自己的身子；爱妻子便是爱自己了。从来没有人恨恶自己的身子，总是保养顾惜，正像基督待教会一样，因我们是他身上的肢体（有古卷加：就是他的骨他的肉）。为这个缘故，人要离开父母，与妻子连合，二人成为一体。这是极大的奥秘，但我是指着基督和教会说的。（以弗所书5:22-32）丈夫和妻子的比喻则强调基督与教会爱与顺服的关系。
实际上，耶稣不仅是教会内部各个基督徒之间连接的中枢，他也是教会与三位一体神联系的中枢。作为神的儿子，耶稣基督是父神的代表，由于他遵守了父神的命令，完成了救赎的工作，让教会与父神和好，父神已经将管理和带领教会的权柄交给了主耶稣，父神与教会的关系也是通过耶稣这位中保来实现的。耶稣说：“我就是道路、真理、生命；若不藉着我，没有人能到父那里去。你们若认识我，也就认识我的父。从今以后，你们认识他，并且已经看见他。”（约翰福音14:6-7）
同样，虽然目前与教会直接打交道的是圣灵，但圣灵并不荣耀自己，而是荣耀耶稣，他的工作也完全建立在耶稣工作的基础上，教会如果偏离了耶稣，也就偏离了圣灵。（关于圣灵与教会的关系，以后另有一章专门讲述）
除此之外，耶稣基督还是教会的目标，教会的老师，教会的君王，教会的盼望，教会的源泉，教会敬拜的对象……他对于教会的意义，并不是一篇短短的文章可以说完的，总结起来，耶稣基督就是教会的一切，一切的一切，没有他，或者与他失去了联系，教会就会失败，就会出问题，就会荒凉，以致成为废墟。
例如，如果教会的根基不是耶稣基督，或者开始是，但后来却脱离这个根基，到别处建造，就会遇到麻烦了，而且是很大的麻烦。偏离根基的教会，就会慢慢失去神的呼召，失去神的呼召，就会像无头苍蝇一样乱跑，然后就会与世界融在一起，无法分别出来，到最后教会不再是教会了。
还比如，教会没有与耶稣同死同活，就会为肉体、情欲、世界、魔鬼等等留下破口，这些东西随着这些破口进入了教会，侵蚀教会，如果教会没有向着世界死，就会被世界弄死。
还有一些情况，是教会受到迷惑，将从耶稣基督而来的好东西当做偶像来拜，例如成功、健康、祝福甚至教会自身，都可能成为教会崇拜的对象，最后教会敬拜的不再是基督自己，而是这些耶稣以外的东西，也就偏离了耶稣基督的带领。
失去了耶稣，偏离了耶稣，教会就会渐渐只有教会的样子，失去了教会的精意，如同以下一段圣经所描述的：
因为我的百姓做了两件恶事，
就是离弃我这活水的泉源，
为自己凿出池子，
是破裂不能存水的池子。
（耶利米书 2:13）
到最后，有些教会甚至会堕落到与神为敌的地步，甚至成为敌基督的代言人，耶稣基督，不再是教会的拯救，而成了这样教会的绊脚石：我在锡安放一块绊脚的石头，跌人的磐石；信靠他的人必不至于羞愧。（罗马书 9:32-33）这是多么可怕的状况啊！
在当今的教会时代，神的心意透过他的独生子耶稣基督向我们显现出来，如果我们想要回避以上的荒凉结局，就必须吸取历史的经验教训，向神悔改，离开那“破裂不能存水的池子”，转头回到“活水的泉源”——耶稣基督那里。
因为，合神心意的教会，就是跟随耶稣基督的教会，是与耶稣基督亲密联结的教会，是透出耶稣基督荣美形象的教会，是向着耶稣基督直跑的教会……
就让我们如此而行吧！
